Champignon

Les champignons sont des eucaryotes pluricellulaires ou unicellulaires. Le terme champignon est devenu ambigu car il désigne un taxon obsolète. Ce terme englobe à la fois les Fungi (ou Mycota), les Oomycota, les Chytridiomycota et les Mycetozoa. Leurs cellules, pourvues d'une paroi chitineuse ou cellulosique, sont immobiles et se nourrissent par l’absorption des molécules organiques directement dans le milieu. La cellule ou les cellules sont dépourvues de chlorophylles et/ou de plastes car ces organismes sont hétérotrophes vis-à-vis du carbone. Leur appareil végétatif est un thalle : ce sont donc des thallophytes. L'étude de ces champignons (la mycologie) est pratiquée par des mycologues.
Tous les champignons vrais appartiennent au groupe des Eumycètes et se répartissent au sein des Basidiomycètes, comme les amanites ou, pour quelques-uns, parmi les Ascomycètes, à l'exemple des morilles ou des truffes. Deux groupes sont communément appelés « champignons » mais n'en sont pas au sens strict du terme : les oomycètes (plus proches génétiquement des algues brunes) et les myxomycètes.
Apparus vers 450 millions d'années au Silurien, ils ont colonisé presque tous les milieux terrestres et même aquatiques (en eaux douce, saumâtre et même marine (1500 espèces au moins, qui ont un rôle écologique important ; via des symbioses avec des algues parfois).
Les premiers champignons mycorhiziens de type gloméromycètes ont vraisemblablement aidé les premières plantes terrestres à coloniser les terres émergées.
Ce qu'on appelle couramment champignon n'est en fait que la « fructification » temporaire et visible, le sporophore (autrefois appelé carpophore), d'un organisme à caractère plus durable et plus discret, le macromycète, dont la structure habituellement filamenteuse constitue le mycélium, dont les filaments isolés sont généralement invisibles à l’œil nu. Le sporophore se présente souvent sous forme d'un pied (le stipe) portant un chapeau. D'autres silhouettes de sporophores sont bien connues : en forme de petits buissons comme les clavaires, de langues sur le tronc des arbres comme les fistulines, de coupes comme les pézizes, de sphères comme les vesses-de-loup, etc.

Classifications

La classification des champignons relève de la mycologie. Elle évolue, notamment en raison des progrès de la génétique, y compris pour des organismes symbiotes (ex. : les lichens ont un temps été classés hors du monde fongique, et y ont récemment été réintroduits). Les listes et classifications sont donc régulièrement mises à jour. Deux classifications sont actuellement proposées: la classification classique et la classification phylogénétique.
Les champignons ont été considérés jusqu'au milieu du XX^e siècle comme des végétaux, en raison de leur immobilité et de la présence d'une paroi cellulaire épaissie, végétaux dits « cryptogames » car ne produisant pas de fleurs.

Champignons des bois

Mais les champignons constituent un règne à part car ils se différencient des plantes et des algues par plusieurs caractères :

1. Ils sont hétérotrophes vis-à-vis du carbone : leur incapacité à synthétiser des sucres à partir de simples ressources minérales les distingue fortement des végétaux qui eux sont autotrophes grâce à la chlorophylle et à la photosynthèse. Les champignons doivent extraire de leur environnement des composés organiques déjà constitués. Ils doivent « s'alimenter » comme le font les animaux, ce qu'ils font soit en décomposant de la matière morte (ils sont alors saprophytes), soit au détriment d'organismes vivants (ils sont alors parasites), soit en s'associant avec un organisme chlorophyllien (ils sont alors symbiotiques) ; Plusieurs de ces stratégies pouvant être combinées chez certaines espèces. Les recherches récentes sur l'évolution des espèces vivantes placent d'ailleurs la plupart des champignons plus près des animaux que des végétaux.
2. Ils sont absorbotrophes ;
3. Leur appareil végétatif est ramifié, diffus et tubulaire ;
4. Ils se reproduisent via des spores ;
5. Leur paroi cellulaire est chitineuse (comme l'exosquelette des arthropodes et des crustacés, ce qui est un exemple de convergence évolutive).

Le botaniste Robert H. Whittaker a donc logiquement créé pour les champignons, en 1969, le règne spécifique des Fungi (du latin littéraire fungus, le champignon) pour y placer ces êtres particuliers, non seulement ceux produisant des sporophores, mais également dans les définitions les plus larges qui ont pu exister toutes sortes d'organismes eucaryotes multicellulaires ni végétaux, ni animaux, comme les moisissures, les rouilles, le mildiou, les saprolègnes, etc. et même parfois unicellulaires comme les levures.
L'usage du mot champignon s'est alors étendu dans le langage commun à des formes biologiques très diverses. Ainsi le terme de champignon est utilisé parfois extensivement pour désigner aussi bien des agents responsables de dermatophytoses (types d'affections rencontrées fréquemment sous les ongles des pieds), les feutrages des oïdiums qui parasitent le feuillage des végétaux, l'ergot de seigle, des plasmodes coloniaux comme les fleurs de tan, les Penicillium du fromage de Roquefort, etc. À l'analyse, il s'avère que certains de ces « champignons inférieurs » sont effectivement apparentés de manière très proche aux champignons à sporophores, alors que d'autres appartiennent à des groupes très distants. Les définitions des différents taxons scientifiques ont alors été précisées, mais l'emploi élargi du mot champignon est resté.
Il y a de très nombreuses espèces de champignons, dont épiphytes, endogés ou aquatiques, et il en reste beaucoup à découvrir. Sur les 100 000 espèces de champignons répertoriées en 2015 (sur un nombre total estimé de cinq millions, voire de 10 millions d'espèces), « près de 10 000 produisent des fructifications à l'œil nu, un peu plus de 1 100 sont comestibles et consommés comme aliments, et environ 500 sont utilisés comme remèdes dans la médecine traditionnelle de tous les pays en développement ».
La classification des champignons a été totalement revue :

• le sous-règne des Eumycota rassemble les Ascomycota, les Basidiomycota, les Zygomycota et les Chytridiomycota (les Deuteromycota, un groupe qui rassemblait les champignons sans stade de reproduction sexuelle connue, n'existe plus et ces champignons sont aujourd'hui pour la plupart classés parmi les Ascomycota). Ce sont des opisthokontes, comme les animaux dont ils sont phylogénétiquement les plus proches parents ;
• les Microsporidia sont aussi des opisthokontes mais différentes des Eumycota ;
• les Oomycota (dont le Mildiou), les Labyrinthulomycetes et les Hyphochytriomycetes sont des hétérokontés, plus proches de divers groupes d'unicellulaires et d'algues brunes que des autres champignons ;
• les Mycetozoa (anciennement appelés : Mycétozoaires) sont classés dans les Amoebozoa.